報酬等の源泉徴収の対象となる金額は、原則として、報酬・料金として支払った金額の全部、すなわち消費税等込みの金額が対象となります。

ただし、請求書等に報酬・料金等の金額と消費税等の額とが明確に区分されている場合には、消費税等の額を除いた報酬・料金等の金額のみを源泉徴収の対象としても差し支えないこととなっております。

インボイス制度下でもこの取扱いに変更はないようですが、請求側が免税事業者等の場合、経過措置期間中の仕入税額控除対象外部分については請求側から交付された請求書等に本体価格と消費税額等が明確に区分されていれば、請求書等に記載されている「本体価格」のみが源泉徴収の対象となるようです。